بدأ الاهتمام بالبدء في العمل الرقابي في فلسطين فور تشكيل السلطة الوطنية الفلسطينية على ارض الوطن بالتوازي مع بداية تأسيس وتشكيل مختلف أجهزة ومؤسسات السلطة الوطنية ، حيث صدرالقرار الرئاسي رقم 22 لسنة 1994 بإنشاء هيئة الرقابة العامة تلاه صدور مرسوم رئاسي بقوة القانون يحمل رقم 17 لسنة 1995 الخاص بقانون هيئة الرقابة العامة حيث تم البدء بالعمل بموجبه وجرى تأسيس هيئة الرقابة العامة في كل من غزة ورام الله وقامت الهيئة بمباشرة أعمالها بالتوازي مع بناء وتطوير الكادر الوظيفي فيها ومارست مهامها واختصاصاتها على كافة المؤسسات العامة في فلسطين واستمرت بالعمل حتى صدر قانون ديوان الرقابة المالية والإدارية رقم (15) لسنة (2004) المستند إلى القانون الأساسي الفلسطيني لسنة 2003.
إعمالا لأحكام المادة(96) من القانون الأساسي وفور إقرار قانون الديوان عام 2005 تأسس ديوان الرقابة المالية والإدارية واعتبر بذلك قانونياً الجهاز الأعلى للرقابه في فلسطين حيث أصبح مؤسسة دستورية ينظم عمله القانون الخاص به، وله موازنة خاصة ضمن الموازنه العامة لدولة فلسطين ويتمتع بالشخصية الاعتبارية المستقله والأهلية القانونية الكامله لممارسة المهام والاختصاصات الوارده في قانونه الخاص والوارده بالقوانين والانظمة ذات العلاقة.
يهدف الديوان الى ضمان سلامة العمل والاستقرار المالي والإداري في دولة فلسطين بسلطاتها الثلاث التنفيذية والتشريعية والقضائية وكشف أوجه كافة أشكال الانحراف المالي والإداري بما فيها حالات استغلال الوظيفة العامة ويهدف أيضا الى التأكد من أن الأداء العام في فلسطين يتفق مع أحكام القوانين والأنظمة واللوائح والقرارات والتعليمات النافذة وفي حدودها وانه يمارس باقتصاد وكفاءة وفاعلية.
يعمل الديوان وفق خطة إستراتيجية أهدافها ديوان رقابة مستقل حسب متطلبات (الانتوساي) المنظمة الدولية للأجهزة العليا للرقابة المالية والمحاسبة ، نظام مؤسسي متميز ، تقديم خدمة رقابية ذات كفاءة وفاعلية في الوقت المناسب وتحسين علاقة الديوان وأثره لدى الأطراف ذات العلاقة.
يحرص الديوان على تطوير علاقته مع الجهات الإدارية والأطراف ذات العلاقة لتمتاز بالمهنية والشفافية والوضوح بما يخدم جودة المنتج الرقابي الذي يسهم في رفع وتحسين الأداء والحفاظ على المال العام في فلسطين ويسعى الديوان للتحسين المستمر وملتزم بالتطور نحو الأفضل وبما يتوافق مع معايير منظمة الانتوساي (المنظمة العالمية للأجهزة العليا للرقابة والمحاسبة ) ومعايير التدقيق الدولية بهدف الوصول الى منتج رقابي ذات جودة عالية ، وتعزيزاً لحضور فلسطين في الساحة العربية والدولية يمتلك الديوان شبكة علاقات خارجية مهنية وواسعة مع مختلف المؤسسات والمنظمات والأجهزة النظيرة بهدف تطوير قدراته المهنية ومخرجات أعماله.
يصدر عن الديوان إضافة إلى التقرير الخاص بالجهة الإدارية محل التدقيق تقارير ربعيه وتقرير سنوي بمجمل الأعمال التي يقوم بتنفيذها ويتم تزويد السيد رئيس دولة فلسطين والمجلس التشريعي ومجلس الوزراء بالتقرير السنوي وفق النتائج بما ينسجم مع القانون.